新疆在动物地理区划上，分属古北界，欧洲—西伯利亚 的阿尔泰—萨彦岭区；中亚分界的哈萨克斯坦区，蒙新区和青藏区，动物区系组成复杂。

　　新疆分布的脊椎动物近７００种，约占全国种类的１１％，其中陆栖脊椎动物６４４种，约占全国种类的２４％，兽类１６８种，以有蹄类、齿类及其食肉动物最为繁盛。单就啮齿类就约占全国种数的４０％。鸟类有４２８种，其中游禽类３１种，涉禽类和走禽类２１种，鸡类目和鸠鸽类２５种，猛禽类４８种，鸣禽类２４１种，爬行类４１种，两栖类７种，土著鱼类５３种。新疆无脊椎动物约１５０００种以上，以昆虫类为多，已知有７０００—８０００余种，其它门类１２００种。新疆有许多是国际濒危野生动物，如蒙古野马、藏野驴、藏羚、雪豹、棕熊、白肩雕、藏雪鸡、黑顶鹤、白鹤等；也有一些是我国仅分布于新疆的特有动物，如四爪陆龟，新疆北鲵、塔里木兔、新疆大头鱼等……

　　天然蛋白源动物——包括可供狩猎的奇蹄目、偶蹄目、兔形目兽类、雁形目、鸡形目、鸽形目及鹤形目的鸨科；秧鸡科鸟类以及爬行、两栖类的龟、蛇和蛙类；可供渔业捕捞的鲑科、鲟科、鲈科名贵鱼类和多种鲤科经济鱼类，作为渔业饵料基础或直接可供给食用的各种浮游和底栖动物，在新疆分布广蕴藏量大。药用动物１０３种，其中入药典主要种类（及药用部分），有兽类的棕熊和藏马熊，虎秘雪豹、马鹿、原麝、赛加羚、河狸；鸟类的３种雪鸡和花尾榛鸡；爬行类的四爪陆龟、蝮蛇和蝰蛇；两栖类的中亚蟾蜍和林蛙，蛛形类的蝎子等。

　　毛羽用动物——有各种食肉目的的犬、熊科、鼠科和猫科，以及兔形目、啮齿目、松鼠科动物，可产出优质绒毛的有藏羚、野牦牛和野骆驼等。羽毛可供饰用或作填充料的鸟类有３０种以上，主要由各种鹤、鹭、鹳、鹰、雕、鸨及鸭类所组成。

　　观赏动物——新疆自然景观中，栖息有野骆驼、野牦牛、野驴、野羊、羚羊等有蹄类，各种鹿类，各种食肉类大型啮齿类，各种猛禽、走禽、游禽、鸣禽。

　　役用动物——通过驯养用于助猎、助渔的动物。有金雕、苍鹰、猎隼、及鸬鹚，猎隼的捕捉与助猎尤为国际狩猎界青睐。对良种采蜜昆虫黑蜂的保护与利用，使新疆成为我国主要养蜂与产蜜基地。

　　祖驯动物——野骆驼、野马、野猪、野牦牛、灰雁、绿头鸭、原鸽等披视为家禽、家畜的野生祖型种，在研究各种家养动物起源，品种分化与实施杂交改良上具有重要的科学价值与实际意义。

　　可驯养动物——马鹿、赛加羚、藏羚、野羊等多种有蹄类；石貂、赤狐等珍贵毛皮兽，雪鸡、花尾榛鸡、猎隼等珍禽以及四爪陆龟等。各种鲟、鲑等多种鱼类的养殖开发，可为新疆渔业增殖与结构优化作出贡献。

　　天敌动物——新疆各种食肉类猛禽以及鹳、鹤、鸦类、蛇类能大量捕杀害鼠，并约有半数的鸟类以及大多爬行两栖类主要以昆虫为食。各种天敌飞虫，通过寄生与捕食亦杀灭大量害虫，在抑制农林、牧业、虫鼠发生上起着主要作用。

　　目前新疆共有国家重点保护动物１１６种，约占全国保护动物的三分之一，其中列为Ｉ级保护的有２８种（兽类１４种，鸟类１２种，爬行类及鱼类２种），列Ⅱ级保护动物８８种（兽类１８种，鸟类６８种，昆虫１种）。